商务部消息，尽管巴西已经成为全球第6大经济体和全球粮食供应地，且在2013年可能超越美国成为大豆第一生产国，基础设施建设滞后是巴西农业和经济发展面临的最大问题之一。
由于农产品出口主要通过海运，从生产地转运到港口主要通过汽车陆路运输。据估算，从巴西西部的马托格罗索地区，到南部大西洋沿岸港口桑托斯港，需要穿过东南部的稀树草原地区，由于路途遥远，运输费用使农产品价格提高30%，这一费用是从巴西到中国的海运运费的2倍。由于工资上涨和政府关于限制驾驶时间的规定，这一比例还将提高。如果运输成本进一步提高，将导致销售价逼近生产成本，贸易商必须出价更高，以保证生产者能继续种植大豆，进而影响大豆种植者的积极性。据巴西农业产业联合会估计，与主要粮食出口国家相比，由于巴西交通运输系统的低效率，巴西生产者的利润率要减少20%，受影响最大的是中西部地区。
巴基础设施建设滞后的重要原因是投资不足，据巴西物流研究所的估算：改善道路运输所需成本是政府目前预算的20倍。在1977年以前，巴西GDP的1.8%用于改善交通，但目前此比例已经降低到0.8%。
近期巴总统罗塞芙公布了一个吸引330亿美元私人资本用于公路铁路和其他交通设施的计划。根据一项对巴西126个大公司（此126个公司对巴西全国GDP贡献率为25%）的调查结果，降低运费的最佳选择是铁路。目前巴西铁路线总长 29,000 公里，甚至比90年前还要少，作为改善基础设施建设计划的一部分，巴西政府正投资约112亿美元用于修建两条（一条东西向，一条南北向）经过主要农业区的铁路线。但某些初级产品贸易公司分析，这些投资并不能很快到位。新的铁路项目可能需要5年或者更长的时间才能上马。
除交通设施外，巴西农产品流通过程中的仓储能力也有限，目前巴国内仓储能力不到大宗农产品生产要求的一半，进一步加重了交通运输系统的负荷。
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