自贸试验区的内资企业设立与区外有一定的区别，试验区试行了一些新的制度，具体如下所示。
制度一
试验区试行有条件的公司注册资本认缴登记制，除有规定的企业外，其余试行认缴制，不再登记实收资本，也不提交验资报告。
制度二
试验区试行有条件的“先照后证”登记制。取得营业执照即可从事一般生产经营活动；申请从事其他许可经营项目的，应当在领取营业执照及许可证或者批准文件后，方可从事经营活动。
制度三
试验区试行企业年度检验制度改为企业年度报告公示制度。
制度四
试验区建立经营异常名录制度。将未按规定期限公示年度报告或者通过登记的住所（经营场所）无法取得联系等的企业载入经营异常名录，并通过市场主体信用信息公示系统向社会公示。
制度五
试验区试行新的营业执照样式。
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