保税港区和综合保税区的区别：
一是综合保税区实行“入区退税”，保税区实行“离境退税”政策。综合保税区具备“境内关外”身份，符合条件的境内区外的货物进入综合保税区可以享受“入区退税”政策；而保税区则只具备境外货物的保税功能，但境内区外货物进入保税区不能享受出口退税政策，而是和内销货物一样处理。保税区内的货物只有在出口到境外时，符合条件的可以办理出口退税。
二是综合保税区内企业不能认定为一般纳税人，不能使用增值税专用发票。对于从事货物生产和加工劳务的企业而言，由于综合保税区具有“境内关外”的身份，因此注册在综合保税区内的企业无法认定增值税一般纳税人资格，不能使用增值税专用发票。保税区则不然，正如前面所述，境内区外的货物进入保税区无法享受出口退税政策，只能按内销处理，因此保税区内的企业可以认定增值税一般纳税人并使用增值税专用发票。
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